Von der Penelope ist, wie von den meisten Opern F. B. Contis, kein Autograph erhalten. Aus dem unmittelbaren Entstehungskontext am Wiener Hof sind mehrere Partiturabschriften sowie Stimmen für die Streicher überliefert, die Stimmen für die Bläser wurden hingegen skartiert. Violine I ist die Stimme für den Konzertmeister, der gemeinsam mit dem Kapellmeister die Aufführung vom Instrument aus leitete. Deshalb ist in seiner Stimme zur Orientierung auch der Continuo notiert. In der Stimme für das Violoncello sind nur die Arien enthalten, d.h. es handelt sich um eine Ripieno-Stimme, die Solo-Stimme mit den Rezitativen wurde hingegen ebensowenig aufbewahrt wie die Stimme für den Kontrabass. 

In der Musiksammlung der Österreichischen Nationalbibliothek sind folgende Quellen erhalten: 

A-Wn Mus.Hs. 17110/1–3 und A-Wn Mus.Hs. 17226/1–3 Partiturabschriften

A-Wn Mus.Hs. 17227/1–4 Stimmen Violine I (Konzertmeisterstimme mit Basslinie), Violine II, Viola, Violoncello (nur ripieno, d.h. ohne Partien für die Rezitative)

A-Wn Mus.Hs. 17051/1.3–5, Nr. 12: Arie Ulisse "S'io credo"

Eine weitere Partiturabschrift befindet sich im Archiv der Gesellschaft der Musikfreunde in Wien: A-Wgm IV 1973 (Q 1280). 

Fürst Anton Ulrich von Sachsen-Coburg-Meiningen ließ zudem eine Partiturabschrift für seine Musiksammlung anfertigen; als Vorlage diente dazu üblicherweise eine der Partiturabschriften aus der Wiener Hofmusikkapelle. Es handelt sich um eine reine Rezeptionsquelle, da eine Aufführung in Meiningen nicht intendiert war und die Partitur als Sammlungsobjekt diente. D-MEIr Ed 119o (RISM-Eintrag). 

Aus dem späten 18. Jahrhundert (zwischen ca. 1780 und 1800) stammt eine Partiturabschrift, die sich ursprünglich auch im Archiv der Gesellschaft der Musikfreunde befand und nun in der Bibliothèque nationale in Paris aufbewahrt wird: F-Pn D-2339 (vgl. RISM-Eintrag; Katalogisat der Bibliothèque nationale). 

RISM listet zudem eine von Wilhelm Kupfer 1911 angefertigte Partiturabschrift, die sich in der Library of Congress, Washington, befindet: US-Wc M1500.C7 P3 

Weitere wichtige Quellen sind die zeitgenössischen Librettodrucke in der italienischen Originalversion und einer deutschen Übersetzung; für die Editionsarbeiten wurden Digitalisate der Herzog August Bibliothek Wolfenbüttel sowie der Schatz Collection in der Library of Congress verwendet. 

Ein Bericht über die Aufführung mit einer kurzen, aus dem deutschen Librettodruck entnommenen Synopse der Handlung findet sich in: Wienerisches Diarium Nr. 14, 16. Februar 1724, [S. 7]. Zusätzliche Informationen über Proben in Anwesenheit des Kaisers sind in den Zeremonialprotokollen (Wien, Haus-, Hof- und Staatsarchiv, Obersthofmeisteramt, Hofzeremonielldepartement, Zeremonialprotokolle 12, 1723–1724, 278r–285) vermerkt.